احتمال آلودگی پوسته تخم مرغ زیاد است و نباید در محفظه‌هایی که به عنوان جا تخم مرغی در یخچال‌ها تعبیه شده قرارداده شود، بلکه باید در ظروف دربسته، در یخچال و در درجه حرارت پائین تر از ۱۰ درجه سانتیگراد نگهداری شود.
در صورتی که تخم مرغ به مدفوع آغشته یا خون آلود بود و یا ترک داشت، بهتر است شسته شده و بلافاصله مصرف شود، باید از قراردادن تخم مرغ در کنار سایر مواد غذایی خودداری کرد و پس از تماس با تخم مرغ، دست‌ها را باید شست.
در گذشته برخی عقیده‌ها رایج بود که اگر تخم مرغ به صورت خام یا نیم پز مصرف شود مقوی‌تر است، تخم مرغ برای خوردن باید کاملا پخته شود و حرارت ۷۰ درجه سانتیگراد به کلیه قسمت‌های آن برسد و زرده و سفیده کاملا سفت شود.
برای آب پز کردن تخم مرغ باید آن را بعد از جوش آمدن آب به مدت ۵ تا ۷ دقیقه در حال جوش قرار داد تا زرده آن کاملاً سفت شود و نیز در پختن مواد غذایی دارای تخم مرغ دقت شود تا حرارت به تمام قسمت‌های آن برسد به طوری که قسمت‌های مختلف آن سفت شده و به صورت شل نباشد.
با توجه به اینکه نیمرو کردن با روغن باعث افزایش کالری غذا می‌شود، همه افراد به ویژه بیماران قلبی و بیماران دارای چربی خون بالا از روش های دیگر برای خوردن تخم مرغ استفاده نمایند.